Los órganos de gobierno del Consejo Regulador serán el Pleno, el Presidente, el Vicepresidente y cualquier otro que se establezca en los estatutos.
El Consejo Regulador adaptándose a la nueva normativa diferencia claramente una división en su estructura organizativa. Por un lado, se crea un órgano de gestión dedicada a la gestión y a la promoción genérica de la Denominación de Origen. Por otra parte se crea un órgano de certificación dedicada a la certificación de las bodegas en el cumplimiento del Pliego de Condiciones de la Denominación de Origen Protegida y el Consejo Regulador, como entidad de certificación debe ser acreditado en la norma UNE-EN ISO/IEC 17065.
Con el objeto de cumplir los requisitos necesarios, el Consejo Regulador ha creado una Estructura de Certificación formada por un Director de Certificación y unos Auditores.
También se ha creado un Comité de Partes que garantiza la imparcialidad de la actividad de certificación integrado por un representante de los intereses de los viticultores, uno de los vinicultores, uno de los distribuidores, uno de los consumidores, un experto en vitivinicultura y un representante del Departamento de Agricultura, Ganadería y Medio Ambiente.
